Der Orden der Barmherzigen Brüder hat seine apostolischen Werke in Bayern vor einigen Jahren neu strukturiert.

Die Barmherzige Brüder Bayerische Ordensprovinz KdöR (Körperschaft des öffentlichen Rechts) hat die Betriebe des Krankenhauses Regensburg mit Klinik St. Hedwig und des Krankenhauses München 2008 auf die Barmherzige Brüder gemeinnützige Krankenhaus GmbH übertragen. Später kam auch noch das Krankenhaus St. Barbara Schwandorf dazu. Die bisherigen Gesamtleiter der Krankenhäuser wurden zu Geschäftsführern der Gesellschaft berufen. Vorsitzender der Geschäftsführung ist Christian Kuhl. 

Die vier Behinderteneinrichtungen des Ordens in Algasing, Gremsdorf, Reichenbach und Straubing wurden 2009 in die Barmherzige Brüder gemeinnützige Behindertenhilfe GmbH umgewandelt. Seit November 2010 gehört auch der Standort Malseneck zur gemeinnützigen Behindertenhilfe GmbH. Die bisherigen Gesamtleiter wurden zu Geschäftsführern der Gesellschaft berufen; Vorsitzender der Geschäftsführung ist Hans Emmert.

Alleinige Gesellschafterin der Krankenhaus GmbH und der Behindertenhilfe GmbH ist die Barmherzige Brüder gemeinnützige Träger GmbH, diese ist ihrerseits hundertprozentige Tochtergesellschaft des Ordens. Die Träger GmbH hält auch 90 Prozent der Anteile am Klinikum St. Elisabeth in Straubing. Auf die Träger GmbH wurde zudem der Betrieb des St. Johannes Kinderheims in Kostenz übertragen. Vorsitzender des Verwaltungsrats der Träger GmbH ist Provinzial Frater Benedikt Hau, Geschäftsführer der Träger GmbH sind Hans Emmert und Christian Kuhl, zudem wurde Justiziar Alexander Hohenberger zu deren Prokuristen bestellt.